Le hameau de Fontan fut créé sur la commune de Saorge par ordonnance du duc de Savoie Charles-Emmanuel 1er, en 1616. La route dans les gorges de Saorge, ouverte à la circulation en 1593, permettait désormais d’éviter la montée vers le village de Saorge. Fontan devint un hameau d’étape pour les voyageurs.
Le site fut choisi comme étant commode, sain, abondant en eaux de sources et possédant des terrains propres à la culture des légumes, de la vigne et des arbres fruitiers.
L’augmentation du trafic marchand entre le port de Nice et Turin incita des familles saorgiennes à s’implanter à Fontan pour y proposer leurs services.
L’organisation linéaire du village fut imposée par les activités liées à la route tracée en suivant la Roya. Nombre de maisons présentent la double ouverture : route et rivière.
Le schiste violet extrait sur la commune, qui est encore visible sur les toitures, les marches et les sols, rappelle l’importance de ce matériau dans l’histoire de Fontan et Saorge.
En 1632, la construction de l’église Notre-Dame de la Visitation fut décidée pour éviter aux paroissiens les aller-retours à Saorge.
En 1860, au rattachement du comté de Nice à la France, Fontan devient ville frontalière avec Tende restée italienne. Les douanes s’y installèrent, renforçant la population.
Le 20 septembre 1870, Fontan et les deux hameaux de Berghe furent détachés de Saorge pour former une nouvelle commune indépendante.
Le développement des performances des véhicules automobiles, pendant les dernières décennies du XXe siècle, ont peu à peu réduit l’importance de l’étape de Fontan, qui conserve néanmoins quelques établissements pour la restauration des voyageurs.
Une halte à Fontan permet de visiter l’église du XVIIe siècle, qui forme un bel ensemble avec le presbytère et la chapelle des Pénitents blancs, et de découvrir l’usine hydroélectrique moderniste de 1913, la statue élégante de son monument aux morts, ainsi que quelques jolis décors de façade, de part et d’autre de la rivière qui y est restée à l’état naturel.